Depois de fundada a Irmandade da Misericórdia em 1513, estes tiveram permissão do Arcebispo D. Diogo de Sousa para instalar o templo numa das capelas dos claustros da Sé. Depressa se tornou pequena, levantando a hipótese da Irmandade construir uma de raiz.
Assim aconteceu, tendo-se iniciado a edificação em 1560, junto à Sé Catedral. Segundo uma inscrição no portal principal, terminou em 1562, ano possivelmente relativo à fachada.
Nos anos seguintes o interior veio a sofrer consequências de melhoramentos como a edificação dos diversos retábulos, a pintura de um destes e também no teto do coro baixo.
O século XVII acabou por ser o da transformação do interior, no âmbito da remodelação, decoração, restauro e ampliação dos seus espaços.
Os pilares e retábulos eram consertados e pintados em dourados, a casa do despacho edificada, a cobertura do teto arranjada com a execução de caixotões e a colocação de painéis de azulejos.
No final deste mesmo século foram executados o retábulo central e os colaterais. No século seguinte as obras ali decorridas limitavam-se a pequenos melhoramentos como a execução de novos retábulos em talha.
A planta desenvolve-se num L, na combinação do templo e Casa do Despacho, em que a igreja apresenta uma planta retangular, e edificadas em cantaria de granito.
A fachada principal, que se orienta para a Rua do Souto, é rematada por um frontão triangular em que a entrada serve uma linguagem de altar-rétabulo.
O portal em arco de volta perfeita é acessível por um soco de escadaria de onze degraus ladeados por duas colunas de cada lado que enquadram imagens da Rainha Santa Isabel de um lado e de São Luís do outro. O portal é encimado pela pedra de armas do Arcebispo D. Gaspar de Bragança.
Segue-se um friso decorado por medalhões e coroado por conchas entre fogaréus. Remata com duas colunas coríntias, decorada com dois pares de bustos em medalhão.
A fachada lateral, orientada a nascente, apresenta dois janelões em arco de volta perfeita e o portal em moldura reta ladeado por duas colunas compósitas. Estas sustentam o entablamento sobre modilhões, coroado por uma edícula enquadrada por duas colunas compósitas.
A edícula é rematada por dupla cornija e sobrepujada por motivos zoomórficos, albergando duas imagens representando Nossa Senhora na visita à sua prima Santa Isabel. Estas estão ladeadas por outras imagens de São José e São Zacarias.
No interior a nave é coberta por abóbada de madeira decorada por caixotões. O coro-alto em madeira destaca-se ao centro pelo semi-circulo com guarda balaustrada de madeira.
