Com esta titularidade, o mosteiro viria a usufruir de benefícios papais e doações régias, com o que acumulou um património considerável, e ao mesmo tempo a sua posição no plano político e cultural do país.
Foi fundado pela Ordem dos Cónegos Regrantes de Santo Agostinho em 1131, com o apoio de D. Afonso Henriques e do seu filho D. Sancho I, sendo estes mais tarde sepultados no mosteiro. A construção só teve a sua finalização quase cem anos depois.
Do primitivo mosteiro românico já pouco resta, uma vez que nos séculos posteriores esta instituição monástica viria a sofrer campanhas reformadoras, das quais a principal e a que conferiu o aspeto atual se realizou na primeira metade do século XVI com D. Manuel, que assumiu a tutela do cenóbio.
O elemento mais notável da obra quinhentista, sendo construída em duas fases sucessivas, é espelhado no seu portal com os robustos torreões e contrafortes em quilha.
Os túmulos dos dois primeiros reis de Portugal foram transferidos para a capela-mor em 1530. O interior também alterado, com o abobadamento da nave e o coro-alto, em 1530 com a sua abóbada estrelada. O coro-alto tem um cadeiral manuelino, nota de referência. Também o púlpito renascentista merece destaque mitológico e iconográfico.
Em 2003 o Mosteiro de Santa Cruz, como o Mosteiro dos Jerónimos e o Mosteiro de Santa Maria da Vitória, receberam o estatuto de Panteão Nacional, que já estava atribuído ao primeiro Panteão, da Igreja de Santa Engrácia.
Também este mosteiro está desde 1910 considerado como Monumento Nacional.
