Com a localização na parte baixa da cidade, o Convento de Santa Clara-a-Velha viria a ser vítima das sucessivas inundações sofridas no inverno e a insalubridade e outras razões foram suficientes para que este conjunto conventual fosse obrigado a mudar de localização.
Indo para uma parte mais alta da cidade, o mesmo convento passou a designar-se de Convento de Santa Clara-a-Nova, uma vez que se manteve a Velha, também designada como Mosteiro de Santa Isabel.
Embora o corpo da Rainha Santa Isabel tenha sido trasladado para a igreja, o Mosteiro manteve a anterior invocação de Santa Clara.
Com uma planta simples e com linhas retas numa corrente maneirista, em que o portal da igreja e a fachada da portaria já são barrocos, inscreve-se numa orientação em L. O corpo principal compreende o dormitório e a igreja com os coros, orientados para a cidade, e nas costas destes situam-se os claustros. A cozinha e o refeitório ficam na parte perpendicular à frontaria.
No interior o destaque vai para os catorze retábulos de talha dourada, nomeadamente o principal de estilo nacional, que foi habilmente concedido para receber o Trono Eucarístico e o túmulo da Rainha Santa Isabel.
Está classificado como Monumento Nacional.