Acreditando-se que o Castelo de Mogadouro seja da época medieval, a sua fundação provém de uma primitiva ocupação de um castro pré-histórico, passando pela romanização.
A igreja foi edificada no século XVII, sendo o Convento edificado no século XV na tipologia das Igrejas dos Franciscanos em planta de cruz latina com três naves, capela-mor e sacristia.
A vila do Mogadouro viu-se reconhecida pela segunda vez ao ser-lhe atribuído o foral novo por D. Manuel I, mas crê-se que o atual Pelourinho não corresponde ao da época.