A caminho da Figueira da Foz vamos encontrar uma verdadeira jóia escondida na freguesia de São Silvestre. Jóia esta que se pode igualar a muitos outros edifícios de grande porte por aí espalhados nas cidades.
Atualmente está designado como Palácio de São Marcos, mas na verdade este edifício inicialmente foi edificado no século XV como Mosteiro de São Marcos, convento masculino pertencente à Ordem e Congregação de São Jerónimo.
A sua história é um tanto turbulenta, e tudo começou com uma pequena ermida ali existente em 1441 (anterior ao mosteiro). Foi um dos bens confiscados por D. Afonso V a Aires Gomes da Silva pelo apoio que este deu ao Infante D. Pedro na guerra civil que terminara na Batalha de Alfarrobeira.
Passados dez anos e pelo mesmo monarca foram restituídos os bens confiscados à viúva de Aires Gomes da Silva e esta (aia da Rainha de então) concedeu aos monges do Mato e Penha Longa as terras que possuía em São Marcos, na condição de fundarem um Mosteiro e do qual a igreja seria o Panteão da Família Silva.
Assim aconteceu com as obras a realizarem-se em 1452, tendo terminado ainda na segunda metade do século XV, e com os claustros numa tipologia da Renascença Coimbrã. No início do século XVI obras importantes foram realizadas, como a alteração do portal e da capela-mor, a renovação e ampliação da igreja, a construção da Capela dos Magos e finalmente a construção da frontaria.
Depois de 1834, em que as Ordens Religiosas foram extintas, o convento foi comprado por um particular, seguindo-se um grande incêndio de que restou a igreja e a casa da botica.
A fundação da Casa de Bragança adquiriu o conjunto recuperando a parte incendiada. Na atualidade é propriedade do Estado, com a Universidade de Coimbra como consignatária por um determinado tempo.
A igreja está classificada como Monumento Nacional.