A edificação desta capela remonta ao século VII, nomeadamente durante a época visigótica. Esteve a cargo do São Frutuoso, Bispo de Dume e de Braga, tendo escolhido este espaço para ser sepultado.
Todavia, este testemunho raro da época altimedieval, não tem quaisquer semelhanças com outros templos no território nacional, o que levou a interpretações e contestações quanto à verdadeira datação do monumento.
Acreditando que a capela servia de mausoléu de São Frutuoso, estudos posteriores argumentam para uma cronologia que ronda o início do século X, quando o túmulo do Bispo foi renovado, no âmbito do repovoamento de Afonso III. Foi nesta época em que a região foi reconquistada e repovoada que a capela foi objeto de uma reconstrução da qual adquiriu o aspeto interior que hoje existe.
Um exemplar raro que vai provocar igualmente uma planta rara, seguindo por isso um modelo orientalizado (ravenaico-bizantino), que na altura era vigente em Toledo, capital do Reino, em que se desenvolvia em cruz grega. O exterior era formado por arcos cegos, alternado com arcos de volta perfeita e em mitra. Uma torre quadrangular sobrepõe-se ao cruzeiro, com cobertura em quatro águas.
Devido à reconstrução do interior, neste as ábsides, que eram inicialmente quadrangulares, passaram a ter forma semi-circular e à entrada de cada uma se forma uma arcada tripla em forma de ferradura.
A partir do século XVII a capela de São Frutuoso foi anexada à que é hoje a Igreja Paroquial da Freguesia, existindo uma passagem no interior desta que dá acesso a capela, e que na altura fazia parte do Convento São Francisco. O restante imóvel correspondia à parte Conventual da Ordem.
A capela está classificada como Monumento Nacional.
