Com outra denominação de Igreja de São Miguel de Entre-os-Rios, tem as portas abertas desde o século XIII, pertencendo assim ao românico tardio ou românico de resistência, já com elementos do gótico rural. Considerado de uma modesta construção, é formado por uma nave e capela-mor quadrangular mais baixa que a nave, sendo estes despojados de elementos decorativos relevantes. A cabeceira foi alongada no século XVIII em relação ao que era originalmente.
A fachada principal é rasgada por um portal de arco quebrado assente em impostas, a que se sobrepõe uma pequena fresta. O portal não apresenta colunas ou tímpano, sendo a empena terminada por uma cruz e pináculos do século XVIII nos extremos. A empena conteria um campanário, como mostra os sinais, sobre o portal principal, da corda de tocar o sino.
O portal norte em arco quebrado, ao contrário do principal mostra uma arquivolta decorada com diamantes e folhas geométricas, sinais do românico tardio.
com a devida autorização da Rota do Românico
Na igreja não existem capitéis mas apresenta outros elementos típicos do período gótico, como a decoração de folhagens feitas a bisel. Entretanto este templo, na transição da Baixa Idade Média para a Modernidade, veio a sofrer algumas alterações como a renovação do altar, a colocação do retábulo em talha dourada, continuando com o coro-alto e retábulos laterais. A cobertura da nave é em madeira, com um arco quebrado a separar da capela-mor assente em imposta e com decoração por elementos vegatalistas.
Na parede norte da capela-mor existe um arcossólio que teria um túmulo, mas que foi cortado para a abertura de uma porta durante as obras da Época Moderna.
Esta igreja teve outras obras nos séculos XVII, XVIII e XIX, sendo restaurada em 1936 com diversas obras de reparação, sendo também demolido o campanário e a escada que lhe dava acesso. Teve novas obras de reparação e conservação em 1981 e 1982, e de novo após o ano 2003.
Está classificado como Monumento Nacional, a partir de 1927.
A Igreja de São Miguel de Eja faz parte da Rota do Românico, sendo integrada no Percurso do Vale do Sousa em 1998, com o número 23. No entanto, foi alterada posteriormente para o Percurso do Vale do Douro.
