Na verdade, na atual situação não se conhece como Mosteiro mas como Museu de Aveiro.
Este mosteiro foi fundado em 1458 por Dona Brites Leitoa, como Convento de Religiosas Dominicanas, tendo sido integrado na Observância, cumprindo todas as regras estritas, podendo portanto as religiosas professar legitimamente como monjas. Todo este apoio foi concedido pelo Papa Pio II em 1461.
A este mosteiro esteve ligada a Princesa D. Joana, filha herdeira ao trono de D. Afonso V de Portugal. Viveu uma vida modesta de monja entre os anos 1472 a 1490, ano em que morreu, e aqui ficou sepultada. Com a sua beatificação em 1693 tornou~se assim Santa Joana de Portugal.
A sua existência como Convento prolongou-se até 1874, ano que a última freira morreu. A abolição das Ordens Religiosas em 1834, por ordem governamental de então, obrigou a encerrar os mosteiros masculinos e fazendo o mesmo com os Conventos femininos, só na condição de a última freira morrer.
Sendo assim, a partir de 1874 o Convento foi entregue à Ordem Terceira Dominicana, que aí fundou um colégio feminino. Esteve ocupado como tal até 1910, ano em que foi instaurada a República em Portugal. A partir desta data, o edifício foi transformado em Museu.
De referir na Igreja de Jesus a rica talha dourada e azulejos, o claustro, o refeitório, a graciosa tribuna de leitura e, como já referi, o túmulo da Princesa Santa Joana, são as estruturas conventuais integradas no Museu.
O edifício está classificado como Monumento Nacional desde 1910.