O nome de Brancanes foi devido a D. Branca Anes, a quem pertenciam as terras onde o convento foi construído.
A Câmara Municipal de Setúbal mudou as suas instalações para este convento, após o terramoto de 1755, que foi também ocupado pelas invasões francesas no século XIX como hospital militar.
Entre 1998 e 1007 foi quartel militar e estabelecimento prisional, sendo mais tarde vendido a uma entidade privada.
