D. João Viegas, Arcebispo de Braga, em 1251 incumbiu aos frades dominicanos a construção de vários templos na região do Algarve. Por consequência, a Igreja de São Clemente pertence à segunda metade do século XIII.
De acordo com o estilo gótico, a igreja é formada com três naves e três tramos cobertos com madeira e três capelas com abóbadas de cantaria.
No século XVI foram acrescentadas algumas capelas laterais e cinco retábulos. Contudo, com os terramotos de 1755, 1856 e 1969, e após pequenos restauros, a Direção-Geral dos Monumentos Nacionais, para preservar alguns elementos medievais adulterados na reconstrução oitocentista, considerou-na como Monumento Nacional.
