Este local foi estruturado para ser um local religioso e adaptado conforme o género de religião e de civilização que dominava esta zona territorial. Por esta razão começou por ser uma igreja visigótica, seguindo-se uma islâmica e por fim uma romano-gótica e manuelina. O início desta mistura religiosa têm indicação no século IV como provável construção da primitiva construção.
No século VI há a criação do Bispado de Egitânia pelo rei Suevo Teodemiro, sendo que nos finais deste mesmo século se realizou a edificação da catedral, do batistério e do hipotético paço. Quatro séculos depois, mais concretamente no século X, dá-se a transformação do edifício religioso de então em mesquita, aquando do domínio muçulmano em que a linha direcional da matriz arquitetónica do edifício chegou até agora. Este templo terá sido erguido pela comunidade moçárabe.
Nos séculos XII e XIII, e com o aproveitamento do edifício de então e com os materiais da mesma construção, realizou-se uma nova capela-mor, acabando por ser doado ao Mestre dos Templários, D. Gualdim Pais, por D. Afonso Henriques.
De planta retangular com dois eixos ortogonais, é composta por um retângulo principal ao qual se justapõem ao lado maior dois retângulos e um quadrado. A fachada voltada a norte é constituída por dois registos, em que o primeiro é por uma porta em arco quebrado e porta de lintel reto. O segundo registo é constituído por um óculo circular e um campanário.
A configuração da atual igreja deve-se às obras de restauro que sofreu no tempo do Prof. Dr. Fernando Almeida.
O conjunto arquitetónico no qual está incorporada a Sé Catedral está classificado como Monumento Nacional desde 1977.
