Este monumento de estrutura militar teve a sua fundação num convento franciscano, tomando o nome de Convento de Nossa Senhora do Rosário, pelo qual o forte também é conhecido. É datado do início do século XV, de acordo com a escritura celebrada com o Frei Rodrigo de Morais em 1446.
No contexto da Guerra da Restauração da Independência e devido à posição estratégica da cidade junto da fronteira, impôs-se a necessidade de modernização das suas defesas medievais. Os trabalhos de defesa de Chaves foram complementados com novos panos de muralha, ligando o forte aos antigos muros medievais, reforçados ou reconstruídos na ocasião, envolvendo o antigo convento franciscano com as muralhas abaluartadas, transformando-o num forte.
Também no início do século XIX, aquando da Guerra Peninsular, este forte foi novamente alvo de tentativa de defesa contra os franceses, da qual a resistência foi pouca, que acabou por ser tomado por estes fazendo deste espaço o seu quartel general. Entretanto foi alvo de uma contra-ofensiva, que acabou por libertar a cidade de Chaves, tornando assim para as mãos dos portugueses.
Contudo e não se ficando por aí, este forte foi cenário de mais duas situações turbulentas, a da Guerra dos Liberais e mais tarde na Proclamação da República. Perdida a sua função de defesa e após sete décadas da presença do Batalhão de Caçadores, este forte entra num processo de ruína.
Finalmente, e superando mais uma situação de degradado, sofre obras de conservação acabando por, em 1994, aquele espaço ser requalificado, tornando-se assim num hotel de quatro estrelas que tomou o nome de Forte de São Francisco.
A sua planta simples apresenta um formato estrelado, com quatro baluartes nos vértices, entrando assim na lista das fortalezas com o sistema de Vauban. Também entrou na lista dos classificados Monumentos Nacionais desde 1938.
