O Forte de São Julião da Barra foi considerado a maior fortificação marítima de Portugal. A sua função principal era a de controle e defesa na entrada das embarcações no rio Tejo e do Porto de Lisboa, em conjunto com o Forte de São Lourenço do Bugio.
No local do forte terá existido uma ermida de São Gião, sendo recomendada a construção de uma fortificação por D. Manuel I.
Antes disso existia, para defesa da entrada no Tejo e do Porto de Lisboa, apenas o Castelo de São Jorge e a cerca moura, insuficientes para esta função. Com a construção desta fortaleza, a defesa seria assim garantida em conjunto com a Torre ou Forte do Bugio e ainda com a Praça-forte de Cascais e a Torre de Belém, ambas na margem direita do rio, e ainda a Torre Velha da Caparica na margem esquerda.
A estrutura do novo forte foi terminada em 1568 mas as obras prosseguiram. Em 1580, no tempo da Dinastia Filipina, foi reforçada a defesa do forte com a sua ampliação. As obras ocorridas até ao final desse século tornaram este forte como a maior e mais poderosa fortificação em Portugal. Neste tempo já estas instalações eram utilizadas como prisão política, sendo assim mantido até ao início da República, no século XX.
Novas obras e ampliações foram feitas na segunda metade do século XVII, sob D. João IV, e de novo na segunda metade do século XVIII. O terramoto de 1755 provocou graves danos no forte.
Neste forte foi instalado o Quartel-General das tropas de Junot, nas invasões francesas de Napoleão Bonaparte, enquanto a barra do rio era bloqueada pela marinha inglesa. A partir de 1809, o Forte de São Julião pertenceu à terceira das Linhas de Torres para defesa de Lisboa.
Em meados do século XX, tendo deixado de ser necessário como defesa e deixando de ser prisão, foi adaptado para a receção de membros do governo e pousada de visitantes especiais. As salas dos quartéis passaram a ser salas de jantar e biblioteca.
Situa-se ao centro deste forte o Farol de São Julião da Barra, que funciona desde 1761.
Está classificado como Imóvel de Interesse Público desde 1957, encontrando-se desde 1998 a proposta para classificação como Monumento Nacional.
