O Convento de Santos-o-Novo foi construído durante o século XVII por D. João II para as Comendadeiras da Ordem de Santiago, para substituir o pequeno convento de Santos-o-Velho do século XIII.
A Igreja da Madre de Deus integrava o convento com o mesmo nome. Este convento foi fundado no início do século XVI, em 1509, estando atualmente parte dele ocupado pelo Museu Nacional do Azulejo.