As caraterísticas renascentistas estão bem expressas na composição e decoração do pórtico principal, em arco de volta perfeita, decorado com motivos inspirados com gravados italianos. Este é rematado por um conjunto escultórico que integra a imagem de Nossa Senhora da Misericórdia ladeada pelas figuras de São Pedro e São Paulo e também com as armas do reino e da cidade.
A planta é formada por três naves e quatro tramos formados por arcos moldurados assentes em colunas e capitéis renascentistas cuidadosamente ornamentados em 1760, altura em que a igreja começou a ter os magníficos azulejos azuis e brancos.
Está classificado como Imóvel de Interesse Público.
