Foi mandada construir em 1251 pelo Bispo de Braga, D. João Viegas, tornando este monumento histórico num dos mais importantes de Faro.
Da primitiva construção, apenas ficou o primeiro piso da torre que domina a fachada e as duas capelas do cruzeiro. Em 1596, com o saque e o incêndio provocados pela invasão das tropas inglesas do Conde Essex, tornaram-se necessárias grandes obras, mais ainda depois dos abalos de 1722 e 1755.
O interior de três naves, com colunas de ordem toscana, apresenta um dos mais belos e valiosos conjuntos de imagens dos séculos XVII e XVIII no Algarve.
Este templo está classificado como Imóvel de Interesse Público.