Instalados em Coimbra desde 1541, a Sé Nova foi a primeira Igreja do Colégio das Onze Mil Virgens, ou Colégio dos Jesuítas, sob o projeto do arquiteto oficial dos Jesuítas em Portugal, Baltazar Álvares, e influenciado pela Igreja do Mosteiro de São Vicente de Fora em Lisboa.
As obras tiveram início em 1598. Contudo, a sua lentidão foi suficiente para que as cerimónias religiosas só tivessem lugar em 1640 com a inauguração a realizar-se cem anos depois do seu início, em 1698. Com a expulsão dos Jesuítas, deu-se a transferência da sede episcopal da Sé Velha românica para a ampla Igreja Jesuítica, em 1772.
Entretanto a Companhia de Jesus extinguiu-se em Portugal, com os edifícios a serem entregues à Universidade e ao Cabido.
De um estilo maneirista, também denominado "Estilo Chão", com pilastras sobrepostas a ritmar a frontaria onde se rasgam portas e janelas de molduras retangulares.
Aqui se inserem as estátuas Jesuíticas dos Santos, como o Santo Inácio de Loyola, S. Luís Gonzaga, S. Francisco Xavier e S. Francisco de Borja, albergados por frontões e nichos. Na parte superior da fachada a decoração é barroca, sendo apenas finalizada no século XVIII e mais tarde finalizada por um frontão de linhas contracurvadas, coroadas por pináculos e por uma cruz ao centro.
O interior é composto por nave e capela-mor, sendo a nave abobadada, com capelas laterais com grades em marcenaria em pau preto, curto transepto, com cúpula e lanternim, púlpitos com aplicações douradas e candeeiros flamengos. A capela-mor apresenta o cadeiral da Sé Velha do século XVII, bem como a pia batismal.
