As origens do mosteiro remontam aos alvores da Baixa Idade Média, muito embora as informações sejam escassas e contraditórias relativas à sua fundação, no início do século XII.
O Real Colégio D. Fernando foi fundado em 1849 por João Luís Correia de Abreu, pedagogo e historiador. Funcionou no edifício a Casa da Hospedaria do Mosteiro de Santa Maria de Landim.
