Este conjunto, ao contrário da maior parte dos conjuntos conventuais masculinos e femininos, com a extinção das ordens religiosas acabaria a ser entregue à Instituição da Misericórdia de Barcelos, devido à intervenção do Visconde de Leiria que era natural de Barcelinhos.
A transferência da Misericórdia deu-se em 1838, deixando as antigas instalações no edifício dos Paços do Concelho, incluindo a trasladação dos corpos depositados naquela igreja, para o novo cemitério da Santa Casa da Misericórdia. Os edifícios, incluindo a igreja, passaram de comum acordo aos edifícios camarários, sendo mais tarde a igreja dessacralizada em 1846.
No entanto as novas instalações permitiram espaços disponíveis que foram aproveitados, e assim este conjunto, com o decorrer dos anos, foi-se ajustando às conveniências da época. Por exemplo, nos finais do século XIX, no lado esquerdo da igreja, teve lugar o Asilo dos Inválidos, projeto manifestado pela Irmandade em 1818. Na primeira década do século XX procedeu-se à ampliação do número de enfermarias do hospital.
Na continuação de caridade sob alçada da S.C.M., e com instalações propícias, tentaram no decorrer do século XX abrir espaços como uma cozinha económica, uma creche, entre outros, no âmbito de proteger os mais desfavorecidos económica, física e educacionalmente.
Ao centro deste corpo retangular encontra-se a igreja, de planta longitudinal de nave única e capela-mor. A fachada delimitada por pilastras apresenta três rasgos em arcos de volta perfeita dando acesso à nártex, encimada pelo brasão da Misericórdia e por três nichos com imagens. O remate é feito em frontão contracurvado, possuindo ao centro um nicho com uma imagem. É ladeado por dois pináculos.
No interior, a nave é formada por um coro-alto com acesso ao órgão ali existente, duas janelas e dois púlpitos laterais e dois altares colaterais. A passagem para a capela-mor é feita através de um arco de volta perfeita com o escudo real. A capela-mor apresenta um retábulo barroco, na mistura entre o branco e dourado.
Este conjunto está situado no lado nordeste do Campo da República ou Campo da Feira, no centro histórico de Barcelos.