Foi com os cavaleiros da Ordem de Santiago, em 1238, que este templo recebeu a intervenção sagrada, para uso do ritual cristão. Por isso a Igreja Matriz de Mértola apresenta uma planta quadrangular, em consequência de uma temática mudéjar do século XVI, com cinco naves, em que a central é mais alargada.
Podemos ver um nicho poligonal mihrab, nicho que integra os grandes santuários de oração muçulmanos e que tinha por finalidade indicar aos fiéis a direcção de Meca.
Este templo está classificado como Monumento Nacional.
