A localização estratégica do castelo tornou o local num importante porto fluvial entre Mérida e o Atlântico.
Esta fortificação teve as suas origens islâmicas, nomeadamente durante o califado Omíada, entre os anos 930 e 1031, durante o maior avanço no domínio militar árabe. Contudo, e devido à sua situação de proximidade com o Mediterrâneo, acredita-se que neste local antecedeu um povoado romano.
Mértola acaba por ser alvo de conquistas e reconquistas.
Na perspetiva do avanço de uma nova ordem cristã, nos finais do século XII os árabes acrescentaram à fortaleza uma torre e uma cisterna, elementos próprios para a prevenção e duração da ocupação árabe na região.
No entanto, a nova Ordem Cristã, dos Cavaleiros de Santiago, só conquistou Mértola em 1238. A posição militar do local com uma ligação natural ao Algarve fez com que a cidade se tornasse a sede da Ordem em Portugal.
O estatuto manteve-se assim até ao ano de 1316 e, durante este tempo, ocorreram acontecimentos importantes. A fortaleza e consequentemente a cidade de Mértola foram alvo de consolidação, tal como o foral atribuído por D. Paio Peres Correia, em 1254, e a construção da torre de Menagem em 1292..
A fortaleza é constituída por uma planta quadrangular, ligeiramente trapezoidal, com os ângulos defendidos pelas torres.
O ano de 1951 serviu para a classificação como Monumento Nacional.
